Le eliminazioni di massa venivano condotte in modo sistematico: venivano fatte liste dettagliate di vittime presenti, future e potenziali, così come sono state trovate le meticolose registrazioni delle esecuzioni. Oltre a ciò, uno sforzo considerevole fu speso durante il corso dell'olocausto per trovare metodi sempre più efficienti per uccidere persone in massa, ad esempio passando dall'avvelenamento con monossido di carbonio dei campi di sterminio dell'Operazione Reinhard di Bełżec, Sobibór e Treblinka, all'uso dello Zyklon-B di Majdanek e Auschwitz; camere a gas che utilizzavano monossido di carbonio per gli omicidi di massa venivano usati nel campo di sterminio di Chelmno.

In aggiunta alle esecuzioni di massa, i nazisti condussero molti esperimenti medici sui prigionieri, bambini compresi. Uno dei nazisti più noti, il Dottor Josef Mengele, era conosciuto per i suoi esperimenti come l'"angelo della morte" tra gli internati di Auschwitz.