Re: Darwin e l
Inviato da Descartes il 25/11/2008 0:06:18
Citazione:
Non stavo parlando del batterio, ma del transporter.
Citazione:
Per utilizzare il citrato in ambiente aerobico servivano due meccanismi: il transporter per catturarlo e portarlo dentro e l'acido tricarbossilico per metabolizzarlo. Come lo stesso Lenski afferma, il transporter capace di funzionare in ambiente aerobico mancava, e sono quindi state necessarie 3 mutazioni per evolverlo.
Citazione:
La mia metafora paragonava il transporter ai veicoli con motore a benzina o diesel, non la cellula intera ne il ciclo dell'acido tricarbossilico. E' il transporter che si "ingolfa" se immerso in ossigeno. Per ripartire il suo motore deve essere in grado di funzionare anche in presenza di ossigeno, altrimenti si "ingolfa" così come un motore a benzina si ingolfa se viene riempito di diesel.
Citazione:
Come ho detto sopra, solo una metà era presente. L'altra metà, il transporter, mancava e si è dovuta non solo evolvere ma addirittura raffinare progressivamente con ulteriori mutazioni.
Citazione:
A parte il tentativo di minimizzare con il termine "pizzicato" una mutazione adattativa che secondo quanto diceva Behe qualche anno prima nel suo libro non sarebbe dovuta nemmeno mai avvenire, ma ancora una volta qui si stravolge il senso di quanto scritto da Lenski. Lenski scrive esplicitamente che la struttura proteica del nuovo transporter non esisteva già, e quindi non poteva semplicemente essere espresso in condizioni diverse ad esempio aerobiche o overexpressed, ma si deve essere trattato di un transporter derivato da transporter DIVERSI, originariamente strutturati per trasportare citrato in condizioni anaerobiche, o peggio per trasportare una sostanza completamente differente dal citrato in condizioni aerobiche:
This transporter may previously have transported citrate under anoxic conditions (43) or, alternatively, it may have transported another substrate in the presence of oxygen. The evolved changes might involve gene regulation, protein structure, or both (61).
fonte: link
Quindi Lenski, l'autore dello studio, parla di un transporter con cambiamenti e mutazioni specifiche ad operare in presenza di ossigeno. Specificando che tali cambiamenti sono dovuti ad almeno 3 mutazioni, quindi si tratta di cambiamenti non banali. Definire tutto questo "overexpression" è semplicemente riduttivo.
Citazione:
Si, ma se leggi parte finale di quella stessa frase lui dice:
The long-delayed and unique evolution of this function might indicate the involvement of some extremely rare mutation. Alternately, it may involve an ordinary mutation, but one whose physical occurrence or phenotypic expression is contingent on prior mutations in that population.
Tradotto:"...potrebbe coinvolgere una mutazione ordinaria, ma una la cui occorrenza fisica o espressione fenotipica è dipendente da precedenti mutazioni nella popolazione"
Ovvero, in entrambi i casi più mutazioni sono necessarie ad ottenere l'adattamento. Come poi infatti specifica all'interno del paper:
The replay experiments indicate an even more complex picture that must involve, at a minimum, three important genetic events. At least one mutation in the LTEE was necessary to produce a genetic background with the potential to generate Cit+ variants, while the distribution and dynamics of Cit+ mutants in fluctuation tests indicate at least two additional mutations are involved.
Citazione:
Tutte le mutazioni possibili non significa nulla. Le mutazioni possibili sono infinite.
Citazione:
No, io do per certo che l'autore dello studio abbia affermato qualcosa di ben diverso da quello che cerca di fargli dire Behe. Il criterio del dubbio per me resta attivo anche nei confronti della ricerca di Lenski, ma per ora quest'ultima non mostra sostanziali debolezze.
Citazione:
Se davvero Behe dice questo, farebbe due errori:
1 - sottovaluterebbe il tempo necessario all'evoluzione della cellula (parliamo di 1.5 miliardi di anni, in cui di generazioni ce ne sarebbero potute essere trilioni e trilioni)
2 - non considererebbe, come ho ricordato sopra, che tutte le strutture della cellula mutano in parallelo, quindi i tempi di tali mutazioni non si possono conteggiare in modo additivo perchè ne avvengono più contemporaneamente nel giro delle singole generazioni, moltiplicando la loro frequenza di milioni di volte.
Citazione:
Non è vero. L'autore del paper ha dimostrato che il batterio ha sviluppato la capacità di metabilizzare il citrato in ambiente aerobico, cosa che prima non era capace di fare in quanto moriva. Si può discutere della complessità di questa mutazione, di quanti geni sono dovuti cambiare per realizzarla, ma il risultato certo è che tale mutazione è avvenuta, esattamente come prevede la selezione naturale. Il batterio mutante evolutosi nel laboratorio di Lenski è un batterio che sopravvive metabolizzando il citrato anche in ambiente aerobico. Prima invece moriva. Quindi l'adattamento è avvenuto, ed è reale.
Citazione:
La definizione di specie non c'entra nulla qui. Stiamo parlando di singoli adattamenti. La definizione di specie è la barriera riproduttiva, non ha nulla a che vedere con le mutazioni e gli adattamenti di un organismo. Il concetto di specie è un modo comodo per classificare gli organismi, ma è puramente accademico. Quando due organismi originariamente identici hanno accumulato tante mutazioni da diventare molto differenti, al punto da non poter più fare figli fertili, allora si parla di specie differenti. Ma non c'è una misura precisa di quante siano le mutazioni necessarie per distinguere due specie. Non c'è scritto da nessuna parte ad esempio che "se A differisce da B per 1000 mutazioni allora è una specie diversa". Per etichettarli come specie diverse al biologo basta che non facciano figli fertili. Quindi in teoria potrebbe bastare una sola mutazione, ad esempio in un gene che modifica gli organi genitali in modo che diventino incompatibili, per creare una nuova specie secondo la definizione accademica.
Ma questo non è legato all'evoluzione in se, che invece riguarda l'evoluzione dei singoli adattamenti come risposta ai cambiamenti ambientali. Anzi la maggior parte degli adattamenti avvengono proprio all'interno dell'ambito della specie, sono pochi gli adatamenti "species-breaking" che danno luogo ad un nuovo lineage, e normalmente avvengono a causa di barriere che causano isolamento ambientale. Paradossalmente, evolvere una nuova specie sarebbe molto più facile che evolvere un adattamento a qualche caratteristica ambientale. Forse nel caso dei batteri un po meno, essendo la loro riproduzione asessuata e basata sullo scambio di materiale cromosomico tra batteri per coniugazione tramite pili, ma sicuramente è più semplice mutare un dna per renderlo incompatibile in *qualsiasi modo* con un altro che invece mutarlo per adattarlo ad una *specifica funzione* come ad esempio il trasporto del citrato in ambiente aerobico.
Citazione:
A mio parere l'evolversi in vitro di un batterio capace di digerire citrato in ambiente aerobico a partire da uno che non ne era capace è una grossa conferma della teoria dell'evoluzione. L'ipotesi alternativa del "guasto" che ha causato una "sovraespressione" è decisamente poco credibile, non solo perchè più mutazioni specifiche sono state richieste per realizzare questo adattamento, ma perchè anche se fosse avvenuta una singola mutazione, il fatto che sia avvenuta proprio quella mutazione al posto giusto ed al momento giusto suggerisce che tali mutazioni non sono affatto assurdamente improbabili come i creazionisti vogliono far credere.
Celacanto ha scritto:
Il batterio non può ingolfarsi se il citrato entra attraveso la membrana cellulare, come un auto a benzina se si mette gasolio o viceversa.
Non stavo parlando del batterio, ma del transporter.
Citazione:
Perchè il batterio è in grado di utilizzare sia glucosio (aerobico) e citrato (anaerobico).
Per utilizzare il citrato in ambiente aerobico servivano due meccanismi: il transporter per catturarlo e portarlo dentro e l'acido tricarbossilico per metabolizzarlo. Come lo stesso Lenski afferma, il transporter capace di funzionare in ambiente aerobico mancava, e sono quindi state necessarie 3 mutazioni per evolverlo.
Citazione:
se per puro caso il citrato entra nella cellula in condizioni aerobiche, la cellula lo metabolizza benissimo (non si ingolfa)
La mia metafora paragonava il transporter ai veicoli con motore a benzina o diesel, non la cellula intera ne il ciclo dell'acido tricarbossilico. E' il transporter che si "ingolfa" se immerso in ossigeno. Per ripartire il suo motore deve essere in grado di funzionare anche in presenza di ossigeno, altrimenti si "ingolfa" così come un motore a benzina si ingolfa se viene riempito di diesel.
Citazione:
TUTTO l'apparato per l'utilizzo del citrato era già presente.
Come ho detto sopra, solo una metà era presente. L'altra metà, il transporter, mancava e si è dovuta non solo evolvere ma addirittura raffinare progressivamente con ulteriori mutazioni.
Citazione:
La proteina "overexpressed" ha permesso all'E.Coli di utilizzare citrato in presenza di ossigeno; in altre parole ha permesso di fare entrare nella membrana cellulare il citrato in condizioni aerobiche. Come dice il biochimico Behe, la minuscola mutazione avvenuta nell'altro esperimento, è probabile che sia la stessa mutazione avvenuta nell'esperimento di Lenski, dovuta a questo gene, o ad un altro leggermente "pizzicato", che ha permesso al batterio di utilizzare citrato in presenza di ossigeno.
A parte il tentativo di minimizzare con il termine "pizzicato" una mutazione adattativa che secondo quanto diceva Behe qualche anno prima nel suo libro non sarebbe dovuta nemmeno mai avvenire, ma ancora una volta qui si stravolge il senso di quanto scritto da Lenski. Lenski scrive esplicitamente che la struttura proteica del nuovo transporter non esisteva già, e quindi non poteva semplicemente essere espresso in condizioni diverse ad esempio aerobiche o overexpressed, ma si deve essere trattato di un transporter derivato da transporter DIVERSI, originariamente strutturati per trasportare citrato in condizioni anaerobiche, o peggio per trasportare una sostanza completamente differente dal citrato in condizioni aerobiche:
This transporter may previously have transported citrate under anoxic conditions (43) or, alternatively, it may have transported another substrate in the presence of oxygen. The evolved changes might involve gene regulation, protein structure, or both (61).
fonte: link
Quindi Lenski, l'autore dello studio, parla di un transporter con cambiamenti e mutazioni specifiche ad operare in presenza di ossigeno. Specificando che tali cambiamenti sono dovuti ad almeno 3 mutazioni, quindi si tratta di cambiamenti non banali. Definire tutto questo "overexpression" è semplicemente riduttivo.
Citazione:
Nell'"abstract", prima di formulare le sue "ipotesi", Lenski mette in preventivo:
"The long-delayed and unique evolution of this function might indicate the involvement of some extremely rare mutation. Alternately, it may involve an ordinary mutation"
Anche Lenski non esclude una mutazione estremamente rara, o in alternativa una ordinaria mutazione! Dunque Lenski è più cauto nel formulare certezze!
Si, ma se leggi parte finale di quella stessa frase lui dice:
The long-delayed and unique evolution of this function might indicate the involvement of some extremely rare mutation. Alternately, it may involve an ordinary mutation, but one whose physical occurrence or phenotypic expression is contingent on prior mutations in that population.
Tradotto:"...potrebbe coinvolgere una mutazione ordinaria, ma una la cui occorrenza fisica o espressione fenotipica è dipendente da precedenti mutazioni nella popolazione"
Ovvero, in entrambi i casi più mutazioni sono necessarie ad ottenere l'adattamento. Come poi infatti specifica all'interno del paper:
The replay experiments indicate an even more complex picture that must involve, at a minimum, three important genetic events. At least one mutation in the LTEE was necessary to produce a genetic background with the potential to generate Cit+ variants, while the distribution and dynamics of Cit+ mutants in fluctuation tests indicate at least two additional mutations are involved.
Citazione:
Forse ha spostato i suoi interessi, perchè dopo 20 anni in cui si sono verificate più volte in laboratorio, TUTTE le mutazioni possibili
Tutte le mutazioni possibili non significa nulla. Le mutazioni possibili sono infinite.
Citazione:
Inoltre Descartes in un suo precedente post ha scritto, cito testuali parole
del post 1371:
"Ciononostante, un buon scienziato parte sempre dal presupposto iniziale che chi critica la sua teoria possa aver ragione. La scienza nasce dal dubbio cartesiano, ovvero dal dubitare sempre delle proprie posizioni, per quanto possano apparire fondate. Senza il dubbio, non c'è scienza."
Non ti sembra di essere troppo precipitoso; tù stesso hai detto che bisogna - "dubitare sempre delle proprie posizioni, per quanto possano apparire fondate" - Dai per certo delle mutazioni che non ha ancora "localizzato" nemmeno l'autore.
No, io do per certo che l'autore dello studio abbia affermato qualcosa di ben diverso da quello che cerca di fargli dire Behe. Il criterio del dubbio per me resta attivo anche nei confronti della ricerca di Lenski, ma per ora quest'ultima non mostra sostanziali debolezze.
Citazione:
Behe "ipotizza" che se fossero avvenute in 30000 generazioni 2 o 3 mutazioni "casuali" per la "presunta" evoluzione di alcune semplici caratteristiche nella cellula, le teorie darwiniane con mutazioni casuali e selezione naturale, non possono spiegare l'intera complessità della cellula procariote, per non parlare di quella eucariote, molto ma molto più complessa, con tutti i suoi organelli, e il complesso trasporto vescicolare!
Se davvero Behe dice questo, farebbe due errori:
1 - sottovaluterebbe il tempo necessario all'evoluzione della cellula (parliamo di 1.5 miliardi di anni, in cui di generazioni ce ne sarebbero potute essere trilioni e trilioni)
2 - non considererebbe, come ho ricordato sopra, che tutte le strutture della cellula mutano in parallelo, quindi i tempi di tali mutazioni non si possono conteggiare in modo additivo perchè ne avvengono più contemporaneamente nel giro delle singole generazioni, moltiplicando la loro frequenza di milioni di volte.
Citazione:
Il termine che usi "Di conseguenza" è abusivo! Inoltre fai una conclusione azzardata, che nemmeno l'autore dell'esperimento ha fatto!
Non è vero. L'autore del paper ha dimostrato che il batterio ha sviluppato la capacità di metabilizzare il citrato in ambiente aerobico, cosa che prima non era capace di fare in quanto moriva. Si può discutere della complessità di questa mutazione, di quanti geni sono dovuti cambiare per realizzarla, ma il risultato certo è che tale mutazione è avvenuta, esattamente come prevede la selezione naturale. Il batterio mutante evolutosi nel laboratorio di Lenski è un batterio che sopravvive metabolizzando il citrato anche in ambiente aerobico. Prima invece moriva. Quindi l'adattamento è avvenuto, ed è reale.
Citazione:
Similmente in laboratorio nell'esperimento di Lenski, e in un altro
esperimento in laboratorio che ho citato, ha permesso a l'E. Coli di metabolizzare il citrato in condizioni aerobiche (quando già poteva farlo in condizioni anaerobiche).
Sarebbe come dire che i Nord-Europei si sono evoluti in una specie diversa rispetto gli africani solo perchè tollerano il lattosio!
La definizione di specie non c'entra nulla qui. Stiamo parlando di singoli adattamenti. La definizione di specie è la barriera riproduttiva, non ha nulla a che vedere con le mutazioni e gli adattamenti di un organismo. Il concetto di specie è un modo comodo per classificare gli organismi, ma è puramente accademico. Quando due organismi originariamente identici hanno accumulato tante mutazioni da diventare molto differenti, al punto da non poter più fare figli fertili, allora si parla di specie differenti. Ma non c'è una misura precisa di quante siano le mutazioni necessarie per distinguere due specie. Non c'è scritto da nessuna parte ad esempio che "se A differisce da B per 1000 mutazioni allora è una specie diversa". Per etichettarli come specie diverse al biologo basta che non facciano figli fertili. Quindi in teoria potrebbe bastare una sola mutazione, ad esempio in un gene che modifica gli organi genitali in modo che diventino incompatibili, per creare una nuova specie secondo la definizione accademica.
Ma questo non è legato all'evoluzione in se, che invece riguarda l'evoluzione dei singoli adattamenti come risposta ai cambiamenti ambientali. Anzi la maggior parte degli adattamenti avvengono proprio all'interno dell'ambito della specie, sono pochi gli adatamenti "species-breaking" che danno luogo ad un nuovo lineage, e normalmente avvengono a causa di barriere che causano isolamento ambientale. Paradossalmente, evolvere una nuova specie sarebbe molto più facile che evolvere un adattamento a qualche caratteristica ambientale. Forse nel caso dei batteri un po meno, essendo la loro riproduzione asessuata e basata sullo scambio di materiale cromosomico tra batteri per coniugazione tramite pili, ma sicuramente è più semplice mutare un dna per renderlo incompatibile in *qualsiasi modo* con un altro che invece mutarlo per adattarlo ad una *specifica funzione* come ad esempio il trasporto del citrato in ambiente aerobico.
Citazione:
Finchè Lenski non divulgherà le sequenze del Dna, ogni ipotesi e conclusione sono prive di fondamento!
A mio parere l'evolversi in vitro di un batterio capace di digerire citrato in ambiente aerobico a partire da uno che non ne era capace è una grossa conferma della teoria dell'evoluzione. L'ipotesi alternativa del "guasto" che ha causato una "sovraespressione" è decisamente poco credibile, non solo perchè più mutazioni specifiche sono state richieste per realizzare questo adattamento, ma perchè anche se fosse avvenuta una singola mutazione, il fatto che sia avvenuta proprio quella mutazione al posto giusto ed al momento giusto suggerisce che tali mutazioni non sono affatto assurdamente improbabili come i creazionisti vogliono far credere.
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