Deaglio pensa che l'alterazione dei dati elettronici sia avvenuta nel passaggio tra prefetture e ministero degli interni, che è un passaggio telematico (virtuale), perché le schede cartacee non credo passino per le prefetture (che hanno un ruolo di mero controllo del procedimento elettorale). Le schede nei pacchi sigillati vanno dai seggi alle questure e da qui a un tribunale provinciale del distretto elettorale (nella mia regione: Napoli per Campania1 e Benevento per Campania2).
Poi alla fine sono accantonate tutte in un deposito - se ricordo bene vicino Roma o Latina - fino almeno alla pubblicazione del registro ufficiale da parte del governo (il "librone" ancora inedito).

Così credo di aver capito funzioni la faccenda.