Il regime - che basava il proprio fondamento ideologico sulla discriminazione di chi non fosse croato e cattolico - attuò il suo programma politico di pulizia etnica (Un terzo dei serbo-ortodossi verrà cacciato, un altro terzo convertito al cattolicesimo e infine un altro terzo verrà sterminato) anche grazie a fanatici sia laici che in abito talare. Iniziarono così violente persecuzioni innanzitutto contro i Serbo-ortodossi (l'obiettivo principale), Ebrei (non visti come un problema imminente, ma cacciati per fare un favore a Hitler), zingari e comunisti. Fu creata una rete di campi di concentramento, il più tristemente noto dei quali, il campo di concentramento di Jasenovac, è oggi momumento alla memoria, a ricordo del genocidio perpetrato contro i Serbi.